27 ноября 2012 г. на базе школы состоялся  семинар в рамках Федеральной целевой программы развития образования на 2011- 2015 годы "Достижение во всех субъектах Российской Федерации стратегических ориентиров национальной образовательной инициативы Наша новая школа" по направлению "Распространение в Республике Карелия моделей формирования культуры здорового и безопасного образа жизни обучающихся "Реализация комплексно - целевой программы "Здоровье учащихся и педагогов школы" (представление опыта работы)".  В семинаре принимали участие педагоги образовательных учреждений г.Петрозаводска, Республики Карелия, представители КГПА, Министерства образования Республики Карелия. Педагоги МОУ "Средняя общеобразовательная школа № 39" делились опытом работы по реализации комплексно - целевой программы "Здоровье учащихся и педагогов школы". Также на семинаре  были озвучены результаты диагностики по проекту "Безопасная школа по направлениям: "Здоровье", Права участников образовательного процесса "Школа правовой культуры", Индивидуализация образовательного процесса, Изучение сформированности школьной образовательной среды.